줄거리:
뒷세계 제일의 솜씨를 뽐내는 시티헌터 사에바 료. 보통은 신주쿠에서 파트너 마키무라 카오리와 함께 의뢰를 수행한다.
거기에 누군가의 습격을 당하던 모델 신도 아이가 보디가드를 해달라고 의뢰하고, 미녀 의뢰인이라 흔쾌히 수락한 료. 촬영 스튜디오에서 엿보기를 하면서 언제나처럼 못코리를 노린다.
아이가 캠페인 모델을 하는 IT기업의 사장, 미쿠니 신지는 카오리의 소꿉친구. 촬영 현장에서 오랜만에 만난 두 사람은 데이트를 하게 되지만, 료는 카오리를 내버려둔 채 아이한테만 관심을 보인다.
한편, 우미보우즈와 미키는 웬 용병들이 신주쿠에 모여들고 있다는 정보를 입수한다. 그 용병들은 아이를 노리고 있다. 적의 정체를 조사하던 사에코가 맞닥뜨린 거대한 음모. 일본에 오는 무기상 재벌 빈스 잉그라드와 최신 무기.
미쿠니의 등장과 함께, 서로 어긋나는 료와 카오리. 과연 시티헌터는 의뢰인 아이와 신주쿠를 지켜낼 것인가?